指纹门禁和智能卡门禁系统的区别是：指纹人人不同，终身不变，随身携带，指纹不会被遗失，不可被借用，不可以被伪造。系统安全性高，有效拒绝非授权人员进入。
指纹IC卡系统用IC卡保存指纹特征数据、使用人员信息、私钥等关键信息、通过指纹识别认证持卡人真实身份，是提高电子支付信用卡信誉、解决网络信息安全瓶颈最有效的手段，是对信息安全(软件)认证、密钥体系最有效的补充。既是IC卡应用更高层次的系统创新，又是用户真实身份认证领域的一次革命。智能卡读卡器验证卡的有效性，后指纹身份验证，通过双重验证，确保系统安全可靠，保护资源不被侵犯。指纹IC卡系统采用通用的IC卡，包括存储器卡、逻辑加密卡、CPU卡以及接触式、感应式和双界面等多种读写方式。目前深安公司已成功开发了接触式、非接触式指纹IC卡系统，指纹仪和读卡器采用标准USB接口和电脑连接，快速进行数据交换。也可以脱离电脑工作，通过RS232和电脑连接，下载相关信息数据。